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基因组学推进肿瘤研究未来发展

——访亿明达肿瘤业务营销副总裁约翰·莱特

实验室资讯网 更新:2016-11-06 点击: 论坛讨论 百度搜索
【导读】“如今,癌症分类依据已经开始从形态特征转变为更有效的治疗方式,其中的主要转变在很大程度上归功于基因组研究。”美国生物技术公司亿明达(Illumina)肿瘤业务营销副总裁约翰·莱特(......
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基因组学正在改变肿瘤研究,其最终目标是推进癌症的诊断、治疗、监控及最终的筛查方式。

癌症通常按照形态进行分类,这指的是病理学家在显微镜下看到的内容。“如今,癌症分类依据已经开始从形态特征转变为更有效的治疗方式,其中的主要转变在很大程度上归功于基因组研究。”美国生物技术公司亿明达(Illumina)肿瘤业务营销副总裁约翰·莱特(John Leite)近日在接受《中国科学报》记者采访时说。

他表示,基因组学正在改变肿瘤研究,其最终目标是推进癌症的诊断、治疗、监控及最终的筛查方式。

影响肿瘤学未来发展

在肿瘤诊断方面,亿明达的目标是提供体细胞变异的评估。与形态学相比,基因组学可以对疾病进行分类,并告知医生一名特定患者的疾病驱动因素是什么,从而实现更好的诊断。

以骨髓增生异常综合征(MDS,白血病的一种)为例。莱特表示,该病可根据奥氏小体或环形铁粒细胞等分为很多亚类。这些子分类对病理学家有用,因为他们在显微镜下能看到小的亚结构,但其对主治医生的价值却有限。

“与之相对的是根据5号染色体部分缺失进行分类,这种分类对医生如何治疗患者很有意义。”莱特说。因为根据遗传组分,患者通常对药物来那度胺反应良好。“随着可以对更多癌症进行遗传分类,人们可以看到这一趋势,即基因组学正帮助我们根据遗传标志物来定义疾病,这些标志物可能激发肿瘤恶变,可作为治疗靶点。”

目前,亿明达正在力争成为这一领域的领导者。“我们开发从试剂盒到仪器和软件的研究方案,以改善未来的肿瘤诊断、预后、治疗和监控。”莱特说。该公司目前还在参与一些临床试验,并与制药公司合作,以开发与其疗法相匹配的诊断方式。

据介绍,该公司目前将总体目标放在转化研究市场,鼓励研究人员建立新一代的癌症干预、诊断工具和疗法。“我们的目标是为研究人员提供解决方案,尽管研究人员今天仍在使用仅供科研用的解决方案,但在不久的将来有望看到临床体外诊断检测方案。”莱特表示,该公司目前正在研究的TruSight Tumor 15试剂盒就旨在利用新一代测序技术对15个实体瘤中常常突变的基因进行全面评估,以期未来将其推向临床。

聚焦免疫肿瘤学

体细胞变异是亿明达肿瘤业务的基础。同时,该公司对免疫肿瘤学存在很大兴趣,正迅速地在这一新兴应用领域加强核心能力。

“最近一些侧重于不同免疫疗法的临床试验发现,一些原本预后较差的患者获得了有希望的治疗结果。”莱特表示,“在免疫肿瘤学方面,人们必须评估许多不同的参数,才能从整体上了解患者的免疫系统如何与癌症相互作用,确定他们是否适合免疫治疗。”

他举例说,新抗原检测或能表明一些患者是否适合接种疫苗或T细胞疗法,并可利用全外显子组测序(WES)确定。肿瘤浸润淋巴细胞则是另一个参数,可协助预测患者对治疗如何应答。“包含这些淋巴细胞(即渗透到肿瘤的免疫细胞)的肿瘤,通常意味着更积极的结果,因为它们的存在意味着患者的免疫系统在参与对抗癌症。而这个参数可通过基因表达评估。”

据介绍,亿明达的转录组或RNA-Seq方案可帮助研究人员开发诊断工具,用于上述分析过程。同时,肿瘤整体问题还包括哪些炎症过程参与了个别病例,这也是基因表达的问题。该公司产品线中的RNA-Seq或RNA Access可开展相关研究,而且这两种方法同样适用于一些免疫调控基因被癌症所利用、以“规避”个体免疫系统检测的病例。

为患者带来全方位福音

基因组学不仅能够更好地实现对肿瘤的分类和诊断,而且对于接下来的一个问题,即患者的整体风险状况怎样如何,是低风险、中等风险还是高风险的癌症也具有预后意义。

医生可利用临床因素组合以及检测到的突变,了解患者的整体风险状况。莱特表示,这些知识最终将带来更多个性化的治疗选择,从而快速准确地分配疗法与靶向药物。例如,在诊断出5号染色体部分缺失的情况下,MDS患者可根据遗传图谱选择使用药物Revlimid。再比如肺癌中多个基因(如EGFR、ALK)的突变可能需要选择特定的抑制剂。

同时,一旦患者接受治疗,医生还需要知道,这是否是依据患者的所有信息做出的适当疗法。据介绍,目前亿明达正在评估ctDNA,以监控治疗后或手术后的干预。其目的是确定患者癌症的单个突变克隆,以及监控血液中的相同变异。“在连续治疗或干预后,我们期望变异被清除,不会再次出现,因为这可能与复发相关。如果再次看到变异,这也许是一个早期警告信号,提示人们改变疗法或以不同的方式干预。”莱特说。

此外,还有其他的问题,如能否实现癌症较早期阶段筛查?病情可能如何发展?是否会复发?整体的生存概率如何?除了患者,其家人是否有风险?莱特表示,这些类型的问题目前只是基因组学潜在的研究方向,仍处于理论阶段,但有着巨大的社会意义。

(来源:中国科学报/冯丽妃)

(责任编辑:子豪)

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